nanopore测序技术是理想的测序技术。实时，便携，简单，快速，高通量，最重要的是超长读长。这些技术将彻底改变已有的分析策略。例如极大的提高了序列拼接的效果，可以更加准确检测人基因组大片段的变异，更加快速和准确的鉴定病原微生物……本次培训班我们将系统学习这项革命性的技术。主要完成以下三个主题1、深入了解nanopore测序技术；2、拼接一个“完美”的基因组；3、寻找基因组上的暗物质。
课程特色：
1、两位实力讲师，真正的小班授课，让每一位学员都执行出结果；
2、科学设计课程，三天完成三大主题：
3、以完整项目为案例，通过亲自上手操作，快速掌握技能；
4、赠送1个月生物云服务器使用权限（128核心，512G内存，512存储）；
5、培训结束之后，可继续微信群答疑交流。
课程安排：（根据现场情况适当调整进度）
日期
主题
课程安排
第1天
（上午）
nanopore测序介绍
一、nanopore测序技术简介
nanopore测序技术的特点
nanopore测序技术的应用
不同产品介绍
二、nanopore测序原理
测序原理
不同测序平台的比较
第1天
（下午）
Linux操作
三、LInux基础操作
登录服务器
传输文件
基本命令
文件操作
vim编写脚本
sh执行脚本
四：软件安装
安装bioconda
利用bioconda安装所需软件
案例数据下载
第2天
（上午）
原始数据处理
五、原始数据处理
HDF5（FAST5）文件格式介绍
HDFView 查看Fast5文件格式
利用Guppy进行数据转换
fastq文件格式
fastq文件格式处理案例
六、数据质控过滤
数据质控
数据过滤
七、nanopore数据拼接
nanopore基因组拼接
第2天
（下午）
nanopore数据拼接
illumina测序数据拼接
Pacbio测序数据拼接
二代+三代混合拼接方案
几种拼接方案的比较
拼接结果统计
quast组装结果评估
BUSCO评估
八、组装结果优化
组装结果优化原理
利用二代测序优化结果
bwa比对+samtools
第3天
（上午）
利用nanopore快速鉴定病原微生物
tablet 可视化拼接结果
medaka组装结果纠错
pilon组装结果纠错
racon组装结果纠错
Mummer比对校正结果
九、病原微生物快速鉴定
nt库比对
利用taxonkit进行物种鉴定
第3天
（下午）
利用nanopore检测SV
十、利用nanopore数据进行变异检测
nanopore数据变异检测原理
minimap2序列比对
sam文件格式介绍
samtools处理sam/bam文件
SV检测
VCF文件格式
vcf格式文件处理
利用IGV可视化变异结果
主讲老师：
王通
曾任职于华大基因，9年以上生物信息分析经验，擅长基因组，转录组，宏基因组，肿瘤基因组等数据分析。曾任华大基因高级讲师。2015年开始创业，主要做生物信息培训工作。国内最早生物信息教学视频制作者，已制作视频500集以上。目前已在北京，深圳，哈尔滨，杭州，武汉，南京，长春，上海，广州，青岛，重庆，海口等组织超过40多场培训班，线上线下累计学员超过6000多名。公众号“基因学苑”作者，已写作生物信息教程300多篇。
李寅虎
苏格兰爱丁堡大学生物医学硕士。曾任职于华大基因，9年以上生物信息分析经验，曾参与神八载人飞船微生物项目、CDC脑膜炎项目、儿童胆汁淤积项目，擅长高通量测序实验技术、基因组、转录组、宏基因组等多种分析，尤其擅长微生物菌群方向的项目设计，已发表相关SCI文章数十篇。报名须知：
时间：2019年11月2 ~ 11月4日（三天）每天早上8:30~17:00
上课地址：北京民族园智选假日酒店（鸟巢附近），地铁10号线北土城站
请自带电脑（windows与mac系统均可）。
付款方式：
培训费用：3500元 （包含培训费，材料费，不含食宿）
付款方式：银行对公转账
户 名：青岛同源基因科技有限责任公司
开户银行：中国建设银行青岛高新区支行
账户：37101006101052502221
可以现场刷卡或扫码支付等，会议通知等请联系工作人员。
报名方式：
添加老师个人微信，拉进培训交流群，填写报名回执单。
电话：156 4253 9895
常见问题：
1、零基础是否可以学会？
完全没有问题，我们本次培训班就是针对零基础学员，或者刚刚接触生物信息的学员，不要害怕自己是零基础，如果不学习，永远都是零基础。我们讲义后面会有240多个自测项目，可以对每天学习内容进行自我检测。
2、上完课就能够自己做分析了吗？
可以，我们课上会演示大量操作案例，将脚本以及案例数据放到服务器上，只需要替换为自己数据即可完成分析。
3、赠送的服务器账号是做什么的？
赠送的服务器在大家培训班完成之后，可以继续巩固学习，或者使用该计算资源进行自己的数据分析。
4、可以开发票吗？
可以，包括培训通知等，方便用户报销，具体内容可加微信联系。
5、需要做哪些准备？我们的课程都是以实际操作为主，课上会大量用到Linux操作，因此学员最好在课程开始之前预习Linux操作。
6、培训完后面有不会的问题怎么办？
生物信息学习是一样长期的任务，培训班结束了，学习并没有，我们有培训交流群，后续可以在群内继续交流学习。
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